গত ১৮ সেপ্টেম্বর রাতে ফজলুল হক হলের গেটে সন্দেহজনকভাবে ঘোরাফেরা করছিলেন তোফাজ্জল। এসময় বিশ্ববিদ্যালয়ের কিছু শিক্ষার্থী মোবাইল চুরির অভিযোগে এলোপাতাড়ি মারধর করেন তাকে। এক পর্যায়ে হলের ক্যান্টিনে নিয়ে তাকে খাবার খাওয়ানো হয়। পরে আবারও গেস্ট রুমে নিয়ে উচ্ছৃঙ্খল কিছু ছাত্র তাকে বেধড়ক মারধর করলে তোফাজ্জল অচেতন হয়ে পড়েন। হাসপাতালে নিলে চিকিৎসক তাকে মৃত ঘোষণা করেন।

এই ঘটনার পরদিন ১৯ সেপ্টেম্বর দুপুরে শাহবাগ থানায় একটি হত্যা মামলা করেন বিশ্ববিদ্যালয়ের এস্টেট অফিসের সুপারভাইজার মোহাম্মদ আমানুল্লাহ। পরে ছয় শিক্ষার্থীকে গ্রেফতার করে পুলিশ। তাদের কয়েকজন ছাত্রলীগের রাজনীতির সঙ্গে জড়িত। তারা ইতোমধ্যে আদালতে দোষ স্বীকার করে জবানবন্দি দিয়েছেন। বর্তমানে কারাগারে থাকা শিক্ষার্থীরা হলেন—জালাল মিয়া, সুমন মিয়া, মো. মোত্তাকিন সাকিন, আল হোসেন সাজ্জাদ, আহসান উল্লাহ ও ওয়াজিবুল আলম। এছাড়া আট শিক্ষার্থীকে বহিষ্কার করেছে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় কর্তৃপক্ষ। সরানো হয়েছে প্রভোস্টকেও।

তোফাজ্জলের বাড়ি বরগুনার পাথরঘাটা উপজেলার কাঁঠালতলী ইউনিয়নে। তার বাবা-মা আগেই মারা গেছেন। এক ভাই ছিলেন পুলিশে চাকরি করতেন। তিনিও ক্যানসারে মারা যান। এরপর থেকে তোফাজ্জল অনেকটা ভবঘুরে ছিলেন।